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代谢组学| 岛津质谱助力生物标志物的研究与发现
发布时间:2020-09-08]  阅读次数:1234次

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导读

代谢组学(Metabonomics / Metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科,是系统生物学的重要组成部分,已经应用到了诸如动物、植物、微生物的机理研究中,着重探索、发现与疾病、医药、功能相关的生物标志物(Biomarker)。生物标志物是指“一种可客观检测和评价的特性,可作为正常生物学过程、病理过程或治疗干预药理学反应的指示因子”,寻找和发现有价值的生物标志物已经成为当前生物、医药领域的研究热点。然而,生物标志物的发现,是一场砂砾淘金、去伪存真的艰难征程,面临诸多挑战。

 

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 挑战1  生物标志物的发现,海量筛选,准入高,难度大

 

相比于基因组学和蛋白组学,代谢组学难度急剧增加。原因有:

 

1. 目标物范围更广:基因/转录组只需测4种核苷酸排列,蛋白组测20种氨基酸排列,代谢组则包含各类小分子代谢物,要进行结构鉴定可比大海捞针;

 

2. 需要交叉专业知识:如将代谢组学应用在生物研究中,需要分析化学背景进行分离检测,这些数据的正确解析和可视化需要有统计分析的基础;最后需要了解生物学知识以诠释数据背后的生物学意义;

 

3. 软硬件要求高:使用的分析体系大都属于高端仪器及其配套软件,比如色-质谱联用系统里色谱可选GC-MS,LC-MS,CE-MS,质谱根据靶向、非靶向可选QQQ,Q-TOF,IT-TOF等;海量数据采集完毕还需要专业、多功能数据分析平台解读数据,最后还要对潜在生物标志物进行结构鉴定,因此代谢组学每一步都是准入高,难度大!

 

 挑战2  如何去伪存真,减少无意义差异物,找到真正的生物标志物

 

代谢组学巨大的挑战之一,是如何减少生物样品本身,或采集、保存、前处理和分离检测过程中产生“非预期”或“噪音”代谢物,从而去伪存真,找到真正的差异生物标志物:

 

1. 个体情绪差异、非目标病因的生理差异(近期饮食习惯、喝水量、排尿量、运动量、生病、过敏)、其他药物的耦合作用/副作用,都会对个体代谢物产生非预期的影响;

 

2. 在采集样本时,如血样、组织、器官,采集者参差不齐的技术熟练度也会引入其他刺激和干扰因素;

 

3. 样品的保存同样会引入大量干扰物或造成样品变化。比如保存前是否存在溶血,保存温度,冷冻时间长短等,都会使样品产生不可预期的变化;

 

4. 不同的样品前处理手段,如液液萃取、固相萃取、蛋白沉淀等,其化学、物理选择性不同;另外,操作人员的熟练度、溶液量、溶液污染、萃取柱批间差等样本外的误差,都可能会造成样品组内和组间差异。

 

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海量的待选小分子目标物,加上上述这些“不确定性”和“科学偏差”产生比生物标志物浓度更高、响应更强的无意义组别差异物,使得代谢组学在生物标志物发现的路上,困难重重,犹如大海捞针,沙里淘金。虽然后续的统计分析会把大多数的这类干扰物去除,却不能保证最终能得到正确的生物标志物,或使其处于最显著地位。

 

虽然代谢组学研究困难重重,但经过多年的研究探索,科研界都认同利用代谢组学的思路发现生物标志物是方向正确、前景广阔的,相信随着分析仪器,特别是高端质谱及其配套软件和科学家研究水平的提高,越来越多有用的生物标志物会被挖掘出来造福于人类。

 

岛津是全球领先的质谱研发、生产厂家:从上世纪70年代开始研发扇形质谱,成功生产了世界上第一台商品化扇形磁场型质谱GCMS LKB9000;80年代开发了基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)和电感耦合等离子体质谱(ICP-MS),岛津科学家田中耕一先生在2002年因为MALDI离子源的研发获得了诺贝尔化学奖,因此岛津拥有深厚的质谱研发基础和实力。

 

目前岛津质谱的产品线齐全,有机质谱包括单四极杆质谱(SQ)、三重四极杆质谱(TQ)、高分辨质谱离子阱飞行时间质谱(IT-TOF)和四极杆飞行时间质谱(Q-TOF);无机质谱有ICP-MS;生命科学领域有MALDI-TOF、质谱显微镜等。这些质谱仪器与分离技术联用,满足科学研究的各种需求。基于岛津高端质谱,国内高校研究所发表了多篇代谢组学用于脑卒中、癌症和动物生理相关的生物标志物发现的文章,在此系列微信中挑选出典型案例,帮助读者进一步了解疾病和生理现象。

 

 


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